З 1994 року розпочато роботи з організації системи моніторингових досліджень на території КНПП. З 2003 року створено структурний підрозділ – вимірювальна лабораторія аналітичного контролю і моніторингу.

На сьогоднішній день у штат лабораторії входить 6 науковців: завідувач лабораторії, провідний науковий, науковий, 2 молодші наукові співробітники та технік лаборант.

Основні напрямки діяльності лабораторії:

- Наукове керівництво дослідженнями, які проводяться в галузі охорони довкілля, розробка методів та методик ведення фонового моніторингу на природоохоронних територіях;

- Дослідження фізико-хімічного складу водних ресурсів на території КНПП (поверхневі, підземні води та атмосферні опади);

- Дослідження механічного та фізико-хімічного складу ґрунтів на території КНПП;

- Фенологічні спостереження за фоновими видами рослин, а також за рослинами, які занесені в Червону книгу України, рідкісними та зникаючими видами.

Працівниками лабораторії реалізовано наступні наукові та науково-прикладні тематики:

1998-2001 рр. - «Вміст важких металів в поверхневих водах КНПП»;

1998-2002 рр.- «Забруднення території КНПП важкими металами» (спільно з Івано-Франківським державним медичним університетом);

2001-2003 рр. – «Динаміка показника рН атмосферних опадів та грунтів як індикатора антропогенного навантаження»;

2002-2006 рр. - «Дослідження хімічного складу природних джерел на території Карпатського НПП» (спільно з Івано-Франківським державним медичним університетом);

2004-2009 рр. – «Оцінка гідроекологічного стану ріки Прут (витік – м. Чернівці)»;

2006 -2010 рр. – «Гідроекологічний потенціал р. Прут»;

2007-2009 рр. – “Біоіндикація наземних екосистем” (спільно з Інститутом екології Карпат НАНУ);

2010-2012 рр. – «Гідроекологічний потенціал поверхневих вод на території Карпатського національного природного парку» (спільно з Івано-Франківським НТУНГ);

1998-2003 рр. - «Динаміка показника рН атмосферних опадів”;

2003 р. – «Дослідження якості навколишнього середовища у районі г. Говерла»;

2001-2003 рр. «Чистота навколишнього природного середовища в межах КНПП біоіндикаторним методом на прикладі лишайників (спільно з працівниками лабораторії лісівничо-ботанічних досліджень);

2004-2009 рр. - «Сезонний розвиток та репродуктивний потенціал едифікаторів деревостанів у верхів’ї Прута».

Опубліковано низку методичних рекомендацій, зокрема: «Як покращити родючість ґрунту», «Дослідження навколишнього середовища методами спектрального аналізу», методичний посібник «Фенологічні спостереження за природними явищами», розроблено та видано «Щоденник фенологічних спостережень служби державної охорони» нового зразка.